Στις 24 Μαρτίου του 1999, το NATO ξεκινά εναέριες επιθέσεις εναντίον της Γιουγκοσλαβίας με τον βομβαρδισμό αρκετών στρατηγικών θέσεων στη Γιουγκοσλαβική επαρχία του Κοσσυφοπεδίου. Η επίθεση από το NATO εμφανίστηκε ως απάντηση σε ένα νέο κύμα εθνοκαθάρσεων που είχε ξεκινήσει από τις Σερβικές δυνάμεις εναντίον των Αλβανών του Κοσσυφοπεδίου στις 20 Μαρτίου.
Η περιοχή του Κοσσυφοπεδίου βρισκόταν στην καρδιά της Σερβικής Αυτοκρατορίας κατά την τελευταία περίοδο του Μεσαίωνα, αλλά πέρασε στα χέρια των Οθωμανών Τούρκων το 1389 μετά την ήττα της Σερβίας στη μάχη του Κοσσυφοπεδίου. Όταν η Σερβία επανέκτησε τον έλεγχο του Κοσόβου από τους Οθωμανούς είχαν μείνει ελάχιστοι Σέρβοι σε μια περιοχή που κυριαρχείτο από τους Αλβανούς. Το 1918 το Κοσσυφοπέδιο έγινε επίσημα επαρχία της Σερβίας και συνέχισε με αυτήν την πορεία αφότου ο αρχηγός των κομμουνιστών Γιοσίπ Μπροζ Τίτο εγκαθίδρυσε τη Λαϊκή Δημοκρατία της Γιουγκοσλαβίας το 1945, η οποία αποτελείτο από τις Βαλκανικές Πολιτείες της Σερβίας, της Κροατίας, της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, του Μαυροβουνίου, της Σλοβενίας και των Σκοπίων. Όμως, ο Τίτο υποχώρησε στις απαιτήσεις των Κοσοβάρων για μεγαλύτερη αυτονομία, και μετά το 1974 το Κόσοβο υπήρξε ουσιαστικά, αν και όχι τυπικά, ανεξάρτητη πολιτεία.
Οι Σέρβοι άρχισαν να δυσαρεστούνται με την αυτονομία του Κοσόβου, η οποία του έδινε τη δυνατότητα να λειτουργεί αντίθετα με τα Σερβικά συμφέροντα, και το 1987 ο Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς εξελέγη αρχηγός του Κομμουνιστικού Κόμματος της Σερβίας με την υπόσχεση να αποκαταστήσει τη Σερβική κυριαρχία στο Κοσσυφοπέδιο. Το 1989 ο Μιλόσεβιτς έγινε Πρόεδρος της Σερβίας και λειτούργησε γρήγορα στην κατάπνιξη του Κοσσυφοπεδίου, στερώντας του την αυτονομία και στέλνοντας στρατό για να διαλύσει την κυβέρνησή του το 1990. Στο μεταξύ, ο Σερβικός εθνικισμός οδήγησε στη διάλυση της Γιουγκοσλαβικής Ομοσπονδίας το 1991, και το 1992 η Βαλκανική κρίση επιδεινώθηκε με τον εμφύλιο πόλεμο. Μια νέα Γιουγκοσλαβική Πολιτεία, η οποία αποτελείτο από τη Σερβία και την μικρή πολιτεία του Μαυροβουνίου, δημιουργήθηκε, και το Κοσσυφοπέδιο ξεκίνησε τέσσερα χρόνια αναίμακτης αντίστασης στη Σερβική κυριαρχία.
Ο Εθνικός Απελευθερωτικός Στρατός του Κοσσυφοπεδίου (KLA) εμφανίστηκε το 1996 και ξεκίνησε να επιτίθεται τη Σερβική αστυνομία του Κοσσυφοπεδίου. Με όπλα παρμένα από την Αλβανία, ο KLA αύξησε τις επιθέσεις του το 1997, προκαλώντας μια μεγάλης κλίμακας επίθεση από το Σερβικό στρατό εναντίον της Ντρένιτσα, που ήταν υπό τον έλεγχο των επαναστατών, την περίοδο Φεβρουαρίου-Μαρτίου του 1998. Δωδεκάδες πολιτών σκοτώθηκαν και οι στρατολογήσεις στον KLA αυξήθηκαν δραματικά. Τον Ιούλιο, ο KLA προέβη σε επιχείρηση σε όλο το Κοσσυφοπέδιο, παίρνοντας υπό τον έλεγχό του σχεδόν τη μισή επαρχία πριν αντιμετωπίσει μια επίθεση ως απάντηση από τους Σέρβους λίγο αργότερα εκείνο το καλοκαίρι. Οι Σερβικές δυνάμεις έδιωξαν χιλιάδες Αλβανούς από τα σπίτια τους και κατηγορήθηκαν για δολοφονία πολιτών του Κοσσυφοπεδίου.
Τον Οκτώβριο το NATO απείλησε τη Σερβία με εναέριες επιθέσεις, και ο Μιλόσεβιτς συμφώνησε να επιστρέψει τις δεκάδες χιλιάδες προσφύγων στα σπίτια τους. Όμως, οι πολεμικές συρράξεις σύντομα συνεχίστηκαν, και οι διαπραγματεύσεις μεταξύ των Αλβανών Κοσοβάρων και των Σέρβων στο Ραμπουγιέ της Γαλλίας τον Φεβρουάριο του 1999 κατέληξαν σε αποτυχία. Στις 18 Μαρτίου, περαιτέρω διαπραγματεύσεις για την ειρήνη κατέρρευσαν όταν η Σερβική αποστολή αρνήθηκε να υπογράψει μια συμφωνία που ζητούσε την αυτονομία του Κοσσυφοπεδίου και την εγκατάσταση δυνάμεων του NATO για να εφαρμοστεί η συμφωνία. Δύο μέρες αργότερα, ο Σερβικός στρατός ξεκίνησε νέα επίθεση στο Κόσοβο. Στις 24 Μαρτίου άρχισαν οι εναέριες επιθέσεις από το NATO.
Το NATO έθεσε ως στόχο όχι μόνο τις στρατηγικές θέσεις των Σέρβων, αλλά και τα Σερβικά κυβερνητικά κτήρια και τις υποδομές της χώρας, σε μια προσπάθεια να αποσταθεροποιήσει το καθεστώς του Μιλόσεβιτς. Οι βομβαρδισμοί και οι συνεχόμενες επιθέσεις από τους Σέρβους οδήγησαν εκατοντάδες χιλιάδες Κοσοβάρους Αλβανούς στις γειτονικές χώρες Αλβανία, Σκόπια και Μαυροβούνιο. Πολλοί από αυτούς τους πρόσφυγες μεταφέρθηκαν με αεροπλάνο στις Ηνωμένες Πολιτείες και σε χώρες του NATO. Στις 10 Ιουνίου, οι βομβαρδισμοί του NATO σταμάτησαν όταν η Σερβία συμφώνησε σε μια συνθήκη ειρήνης που ζητούσε την απόσυρση των Σερβικών δυνάμεων από το Κόσοβο και την αντικατάστασή τους από ειρηνικές δυνάμεις του NATO.
Εξαιρουμένων δύο πιλότων των Ηνωμένων Πολιτειών που σκοτώθηκαν σε εκπαιδευτική αποστολή στην Αλβανία, κανείς από το προσωπικό του NATO δεν έχασε τη ζωή του στην επιχείρηση που διήρκεσε 78 μέρες. Εν τούτοις, υπήρχαν κάποια προβλήματα, όπως οι λάθος υπολογισμένοι βομβαρδισμοί που οδήγησαν στον θάνατο Κοσοβάρων Αλβανών προσφύγων, μελών του KLA και Σέρβων πολιτών. Το πιο αμφιλεγόμενο συμβάν ήταν ο βομβαρδισμός στις 7 Μαΐου της Κινεζικής Πρεσβείας του Βελιγραδίου, σκοτώνοντας τρεις Κινέζους δημοσιογράφους και προκαλώντας διπλωματική κρίση στις σχέσεις Ηνωμένων Πολιτειών και Κίνας.
Στις 12 Ιουνίου, οι δυνάμεις του NATO μετακινήθηκαν στο Κόσοβο από τα Σκόπια. Την ίδια μέρα, Ρωσικές δυνάμεις έφτασαν στην Πρίστινα, πρωτεύουσα του Κοσσυφοπεδίου, και ανάγκασαν το NATO να μοιραστεί μαζί τους την κυριαρχία. Παρά την παρουσία ειρηνευτικών δυνάμεων, οι Κοσοβάροι Αλβανοί που είχαν επιστρέψει επιτέθηκαν εναντίον της Σερβικής μειονότητας του Κοσσυφοπεδίου για αντίποινα, αναγκάζοντάς τους να καταφύγουν στη Σερβία. Κάτω από την κυριαρχία του NATO η αυτονομία του Κοσσυφοπεδίου επανήλθε, αλλά η επαρχία παρέμεινε επίσημα μέρος της Σερβίας.
Ο Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς καθηρέθη από την εξουσία από μια λαϊκή εξέγερση στο Βελιγράδι τον Οκτώβριο του 2000. Αντικαταστάθηκε από τον δημοκρατικά εκλεγμένο Βόισλαβ Κοστούνιτσα, έναν Σέρβο μετριοπαθή εθνικιστή που υποσχέθηκε να επαναφέρει τη Σερβία στην Ευρώπη και τον κόσμο μετά από μία δεκαετία απομόνωσης.
Ο Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς πέθανε στη φυλακή στις 11 Μαρτίου 2006 στην Ολλανδία, λίγο πριν τελειώσει η δίκη του για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και γενοκτονία.
